Theo kích thước cây và hoa, sen trồng chậu được chia làm 3 nhóm chính sau đây:
Nhóm sen chậu to: Cây cao trung bình trên 100 cm, đường kính hoa trên 20 cm, bao gồm các giống: Ngàn cánh, Quan âm, Hoàng Yến, Tây Hồ, Cung đình viền hồng…
Sen Hoàng Yến.
Nhóm sen chậu trung bình: Cây cao trung bình từ 70 cm đến 100 cm, đường kính hoa 12 cm đến 20 cm, bao gồm các giống: Super, Pink lady, Tứ quý...
Sen Super.
Nhóm sen chậu mini: Cây cao trung bình dưới 70 cm, đường kính hoa dưới 12 cm, bao gồm các giống: Mini Nhật, Beautiful Mist, Ogura Kyoto...
Sen mini Nhật.
Theo mục đích sử dụng, sen trồng chậu được chia làm 3 nhóm chính sau đây:
Sen lấy hoa: Sen Trắng - S20, S22, S36 (cánh trắng), sen Tây Hồ - S21.
Sen cảnh: S25, S41, sen Nhật Bản-S31 (cánh hồng).
Sen lấy hạt: Sen Cánh Hồng, sen Mặt bằng, sen Cỏ, sen Ta, sen Ngố, sen Hồng Đồng Tháp, sen Bát xanh, sen Bát tía.
Sen ta.