Cây giống hoa sen có thể chọn cây giống từ các phương pháp tách thân, từ củ hoặc từ hạt. Tuy nhiên để có cây giống chất lượng tốt nhất nên chọn cây giống từ phương pháp tách thân, dù thời gian bảo quản không được lâu.
Tiêu chuẩn cây giống nếu tách thân
Trên cây thân rễ có từ 1 - 2 lá, có rễ đều xung quanh đốt thân, có mầm chồi, không bị tổn thương cơ giới, sạch sâu bệnh. Tuổi cây mẹ để tách thân là khoảng 3 tháng.
Tiêu chuẩn củ giống nếu trồng bằng củ
Nguồn củ giống được lấy từ vụ trước với các đặc điểm như có ít nhất 2 lóng. Củ sen càng lớn càng cho cây phát triển tốt.
Tiêu chuẩn cây giống trồng từ hạt
Cây con gieo từ hạt trong cốc đã mọc thành những cây có từ 2 - 4 lá thật thì ta có thể tiến hành cho cây ra vị trí trồng được.