Tùy theo điều kiện địa hình có thể tạo các mương rãnh để thoát nước trong vườn ươm. Tuyệt đối không được để vườn ươm bị úng ngập.
Hệ thống thoát nước trong vườn ươm thường được thiết kế cạnh hàng rào, đường đi lại trong vườn ươm dưới dạng các kênh thoát nước.
Tiêu chuẩn kỹ thuật hệ thống thoát nước được thực hiện theo quy định ở bảng sau:
