Phòng trừ sâu bệnh và cỏ dại thực hiện kịp thời để đảm bảo cho cây chè giống không bị cạnh tranh dinh dưỡng và phát triển khỏe mạnh.
Sau khi cắm hom 7 ngày ta nên phun kép 2 lần cách nhau 10 ngày các thuốc sau: Proclaim 1.9 EC 10 ml + Manage 5WP 10 gram + Atonik 3 ml cho 1 bình 10 lít phun cho 3 vạn bầu.
Mục đích phun Comite để trừ nhện đỏ còn lại trên lá chè từ vườn giống gốc, thuốc Manage 5WP có tác dụng làm cho nấm không xâm nhập vào các vết cắt và diệt các nấm ký sinh còn trong đất, Atonik là thuốc kích thích sinh trưởng khi phun lên đất có tác dụng làm hom chè nhanh hình thành mô sẹo và ra rễ.
Sau 2 tháng hom chè đã bắt đầu nảy mầm đồng thời cũng là thời kỳ phát sinh của rầy xanh nên dùng thuốc Actara 25WG pha 1 gói 1 gram cho 10 lít nước phun cho 3 vạn bầu hoặc dùng Admire 50EC pha 10 ml cho bình 10 lít nước; Butyl 10WP pha 25 gram cho bình 10 lít nước; Padan 20 gram cho bình 10 lít nước.
Sau 5 - 7 tháng ươm dùng thuốc Confidor 100 SL diệt bọ cánh tơ pha 10 ml cho bình 10 lít nước, dùng Bestox 5EC trừ bọ xít muỗi, pha 15 ml cho 1 bình 10 lít nước.
Trong vườn ươm thường có nhện trắng hại lá và búp non cần phát hiện sớm phun Nissorun 5EC, chú ý khi phun thuốc phải ngửa vòi phun cho ướt đều mặt dưới của lá, búp non hoặc thuốc Dandy 15EC pha 20 ml cho bình 10 lít.
Ngoài ra, trong vườn ươm còn xuất hiện một số bệnh đốm nâu, đốm xám, thối búp, rụng lá... cần vệ sinh vườn ươm thường xuyên, khi thấy bệnh xu ất hiện từng chòm nhỏ nên phun thuốc ngay, tốt nhất là dùng Manage 15WP một gói 10 gam pha cho 10 lít nước đồng thời có thể kết hợp 3 - 5 ml Atonik để cây chè phát triển nhanh và tăng cường sức đề kháng. Ngoài ra có thể dùng Daconil 500 SC hoặc Boocđô để trừ các bệnh này.
Thường xuyên vệ sinh vườn ươm, nhặt những hom chết, que, cọc, lá rụng và nhổ cỏ xung quanh vườn và trong bầu đất để tránh tranh chấp dinh dưỡng và giảm tác hại của sâu bệnh.