Về sâu hại: Bọ xít muỗi, bọ trĩ và nhện là đối tượng gây hại mạnh nhất đối với cây mắc ca giai đoạn vườn ươm.
Bọ trĩ hại mắc ca.
Phòng trừ: Có thể sử dụng các loại thuốc trừ sâu có hoạt chất Abamectin... Mỗi tháng phun phòng 1 lần.
Về bệnh hại: Các bệnh cháy lá, vàng lá thối rễ, tuy nhiên tỷ lệ không đáng kể.
Bệnh cháy lá trên cây mắc ca.
Phòng trừ: Chủ yếu hạn chế tình trạng cây bị thừa nước lâu ngày gây úng gốc, thối rễ. Có thể sử dụng các chế phẩm Trichoderma và các chế phẩm vi sinh khác được đăng ký trong danh mục thuốc, đối kháng với nấm Phytophthora hay Fusarium để phòng trị. Sử dụng 3 lần, mỗi lần cách nhau 1 tháng.