Thu hoạch củ, gom cây không được để cây bị nám do nắng. Chọn những cây khỏe không sâu bệnh, đường kính thân cây từ 1,2 - 2,0 cm tùy giống, chặt bỏ gốc và ngọn, khoảng 20 cây/bó.
Thời gian bảo quản cây giống không quá 60 ngày (tính từ khi thu hoạch).
Sau khi thu hoạch vận chuyển và bảo quản ngay tại những nơi khô ráo và có bóng mát, không ẩm.
Cách bảo quản: Bó từng bó để nằm hoặc dựng đứng trong bóng râm, hoặc có thể cắm thẳng từng cây xuống đất theo từng cụm từ 500 - 1.000 cây/cụm.
Cây giống có thể bị rệp sáp hoặc các loại côn trùng gây hại, sử dụng các loại thuốc diệt côn trùng để phòng trừ.
Loại bỏ cây xấu: Sau bảo quản 2 - 3 tuần, các bó cây sắn giống phải được tháo ra để loại bỏ cây xấu và cây bệnh, những cây khô, héo không đảm bảo.