Thu hoạch củ sau khi trồng 120 - 125 ngày. Khi cây vừa tàn lá gốc, lá phía trên cũng bắt đầu khô, thân tóp lại và xuất hiện nhánh tỏi nhỏ (tỏi gió), lá vàng úa có thể bắt đầu thu hoạch.
Nhổ củ, rũ sạch đất, bó thành chùm treo trên giàn ở chỗ thoáng để bảo quản. Nếu số lượng lớn bạn cần để vào kho, trên giàn nhiều tầng.
Thu hoạch vào ngày không mưa, chọn những củ to, chắc, không bị bệnh, bó thành bó phơi khô.
Sau khi thu hoạch cần hong cho tỏi được khô vỏ củ và thân, lá.
Vị trí bảo quản tỏi phải luôn thông thoáng và khô ráo, tránh dùng túi nhựa hoặc hộp kín để bảo quản vì như vậy sẽ ngăn chặn sự lưu thông không khí, khiến tỏi dễ bị ẩm mốc. Bạn nên đựng trong túi lưới, rổ để đảm bảo độ thông hơi.
Tuyệt đối không nên để tỏi ở những nơi có nhiệt độ quá thấp (dưới 10 độ) hoặc nhiệt độ quá cao, có ánh nắng trực tiếp chiếu vào.