Đối với vườn ươm mới cũng như vườn ươm đang sử dụng, công việc vệ sinh luôn cần thiết và quan trọng nhằm hạn chế mầm mống dịch hại trong đất, trên cỏ dại và tàn dư cây trồng.
Thường xuyên thu dọn cỏ dại và tàn dư thực vật tạo điều kiện cho cây trồng sinh trưởng và phát triển thuận lợi, loại bỏ, tiêu diệt các mầm mống dịch hại có trong đất, trên tàn dư cây trồng và trên cỏ dại.
Quét vôi gốc cây hạn chế sự xâm nhập của nhiều loại sâu bệnh hại vào cây.
Khi thấy luống bị sạt lở, rửa trôi do mưa, cần vun cao.
Cỏ dại và tàn dư thực vật sau khi thu gom nên được tiến hành ủ thành mùn làm phân bón cho cây.
Lưu ý khi ủ:
Các đống ủ phát triển tốt bằng cách được tạo nhiều lớp vì kỹ thuật tạo lớp là cách tốt nhất để đảm bảo nguyên liệu cho vào cân đối tỷ lệ.
Tuy nhiên, sự phân hủy sẽ nhanh nhất nếu các lớp cũ được đảo trộn trước khi tạo lớp mới. Nên tưới nước làm ướt từng lớp nguyên liệu khô hơn là làm ướt toàn đống nguyên liệu sau khi tạo. Toàn bộ đống ủ nên được làm ướt đều. Không nên tạo đống ủ theo cách này nếu nguồn nguyên liệu hạn chế hoặc nếu sự tích lũy nguyên liệu chậm, nên dự trữ cho đến khi đủ một lớp thì hãy cho vào.