Xây dựng vườn ươm cây giống cần chọn nơi cao ráo, thoáng, có khả năng thoát nước tốt, gần nguồn nước.
Trong vườn ươm thông thường, luống để ươm cây chiếm 70% diện tích vườn, còn lại là 30% diện tích dành cho lối đi, nhà kho, nơi đóng bầu.
Vườn ươm có thể phân thành các khu vật liệu, khu chuẩn bị vật liệu đóng bầu, khu sản xuất cây giống.
Bố trí hệ thống cây giống tưới phun nếu có điều kiện, vườn có rãnh thoát nước 2 bên, phân khu quanh vườn sao cho việc thoát nước tốt nhất, để vườn không bị úng trong mùa mưa.
Quy cách, kích thước cho vườn ươm nhỏ:
Chiều rộng từ 2,5 - 4,0 m; dài 5 - 10 m, chiều cao 1,6 - 1,8 m (chiều cao ở 2 bên sườn mái chỉ cần từ 0,8 - 1,0 m; cũng có thể thấp hơn).
Nền nhà nên chia thành các luống rộng từ 1,0 - 1,2 m và cao 1 m, mặt bằng phẳng, đất mịn (xung quanh luống có xây một hàng gạch), khoảng cách giữa các ô gạch 30 - 40 cm. Trong các ô rải một lớp cát sạch dày 10 - 15 cm.